SCHUTZPATRONIN der Kirche ist die heilige MARGARITA, eine Märtyrerin aus Antiochien in Kleinasien. Ihr Namenstag wird am 20. Juli gefeiert.

Im Ilzstädter Landtag wurde Lembach unter jene Orte aufgenommen, in denen der Bischof von Passau persönlich zu Gericht sitzen musste.

1280 war Sarleinsbach bereits eine eigenständige Pfarre, zu deren Bereich auch das Gebiet Lembach zählte.

1467 wird in einem päpstlichen Dekret eine "ST.MARGARETHEN - KAPELLE " genannt. In diesem Dokument heißt es auch, dass bis dato der BENEFIZIANT vom Bischof in Passau mit 24 Pfund jährlich entlohnt wurde. Ab nun müsse für diesen Betrag das Pfarrvolk aufkommen.

Wann die spätgotische Kirche erbaut wurde ist unbekannt. Ein Rest eines gotischen Spitzbogenfensters ist in der Kirchenmauer eingelassen.

1490 wurde der Frauenaltar consekriert, 1660 das Gotteshaus vergrößert.

1672 erfolgte die Erhebung zu einem Pfarrvikariat, einem Seelsorgebereich mit pfarrlichen Rechten ( Matrikenführung ). Dieser Zustand dauerte bis zum Ende des 19. Jahrhunderts. Seit ungefähr 100 Jahren ist Lembach eine selbstständige Pfarre.

1688 brannte die Kirche nieder und wurde in der Folge in barockem Stil erneuert.

Bei einem weiteren Brand am 24. August 1809 stürzte das Gewölbe des Mittelschiffes ein, die ganze Einrichtung ging zugrunde, sogar die Monstranz zerschmolz im Tabernakel. In einfachem Stil wurde die Kirche wieder aufgebaut und ärmlich ausgestattet. Erst im Jahre 1858 wurde eine Orgel installiert.

Die größten Verheerungen richtete der letzte Brand am 5. August 1876 an. Neben 32 Häusern wurde die Kirche ein Raub der Flammen. Die Orgel, die Glocken und die Kircheneinrichtung wurden zerstört. Nur das Altarbild und die 1855 gemalten Kreuzwegbilder konnten gerettet werden. Unter großen Opfern wurde der einschiffige hohe Turm restauriert.

Im 1. und 2. Weltkrieg mussten die Glocken abgeliefert werden. Seit 1954 hängen wieder 5 Glocken im Turm. Da die Kirche für die 1500 Katholiken der Pfarre schon 1930 zu klein war, wurde 1965 die südliche Kirchenwand 14 Meter weit aufgerissen und der Hauptkirchenraum in einer Tiefe von 19 Metern und einer Breite von 18 Metern nach Süden erweitert. Planer war der Linzer Dombaumeister Dipl. Ing. Gottfried Nobel. Den Umbau führte Baumeister Kumpfmüller durch.

Am 15. August 1966 weihte Diözesanbischof Dr. Dr. Franciscus Salesius Zauner den erweiterten Kirchenraum ein und schloss Reliquien von Heiligen im Altartisch ein.

Sechs Jahre später, am 26. November 1972, weihte Generalvikar Prälat Ferdinand Weinberger die teilweise erneuerte Orgel ein.

1988 wurde der Zwiebelturm neu eingedeckt und das Turmkreuz vergoldet.

Im Jahr 2007 wurden zahlreiche Renovierungsarbeiten sowohl innen als auch außen an der Pfarrkirche durchgeführt.